出口退稅單證備案管理是企業申報出口退（免）稅之后的工作，看似不會影響企業拿到出口退稅款，其實是企業辦理出口退（免）稅的關鍵環節，容不得半點馬虎。出口退稅企業務必按照規定，在申報出口退（免）稅后15日內，合規進行單證備案及后續保管存放。
在日常管理中，出口企業應制定相應的稅務風險防控機制，定期對備案單證的相關情況進行整理和核對，確保單證的具體內容符合規范。如果梳理發現單證存在疏漏，應盡快補充完善。確實無法補充獲取的，應取得具有相似內容或作用的其他資料進行單證備案。
如果連其他資料都無法取得，建議出口退稅企業及時與主管稅務機關溝通，對相應的出口退稅貨物不適用增值稅退稅或免稅政策，及時更正申報，避免產生后續被主管稅務機關認定為騙取出口退稅等法律風險。
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